Untuk mempercepat proses desentralisasi dan penguatan otonomi daerah, sebagaimana tertuang dalam UU No.32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah, beberapa isu strategis yang terkait dengan amanat Munas Apeksi III menjadi program kerja advokasi di tahun 2012. Isu-isu strategis yang ditindaklanjuti adalah permasalahan penataan perundang-undangan yang dihadapi sampai dengan akhir tahun 2011, diantaranya adalah belum selesainya revisi UU No.32 Tahun 2004, untuk itu direncanakan akan dilaksanakan serangkaian pembahasan draf revisi UU No.32 Tahun 2004 baik di tingkat komwil maupun nasional, demikian juga pembahasan beberapa aturan perundangan lain yang selama ini telah menimbulkan polemik di daerah seperti Permendagri No.32 Tahun 2011.
Terkait dengan tema reformasi kepegawaian di daerah, Apeksi akan mengaktifkan para anggota dalam wadah Pokja Kepegawaian untuk memberikan masukan bagi perkembangan kebijakan dan upaya pengembangan kapasitas untuk isu ini.
Dalam bidang lingkungan hidup dan infrastruktur, Apeksi yang sudah meinisiasi terbangunnya Indonesia Urban Climate Network, akan melakukan konsolidasi antar pihak dan penguatan kelembagaan. Untuk konsolidasi antar pemerintah kota akan terus dikembangkan forum dialog nasional dengan pihak pemerintah khususnya untuk melakukan update perkembangan terbaru.
